El Consejo es el principal órgano de gobierno del EITI. Está formado por 21 miembros que representan a los países implementadores, los países que respaldan el EITI, las organizaciones de la sociedad civil, la industria y los inversionistas institucionales. Se invita a cada miembro del Consejo, a excepción del Presidente, a tener un suplente, que puede asistir como observador a las reuniones del Consejo y desempeñar las funciones del miembro. 

Decide las prioridades de la organización y evalúa el rendimiento de los países con respecto al cumplimiento de los requisitos del Estándar.

El Consejo se reúne entre dos y cuatro veces al año. También toma decisiones con mayor frecuencia a través de circulares del Consejo.